Pierwszą świątynią zbudowaną poza murami zamku przeznaczoną dla rozwijającej się osady w XIII wieku był kościół św. Jana. W przywileju lokacyjnym dla miasta, nadanym w 1276 roku wymieniony jest proboszcz malborski Gerhard. Kościół zburzono w czasie wojny trzynastoletniej, podczas oblężenia miasta w latach 1457-1460. Drugą świątynię rozpoczęto wznosić w 1467 roku na starych fundamentach. Prace nad odbudową świątyni trwały bardzo długo od 1467 do 1523 roku. Powstała wówczas świątynia ceglana, halowa, trójnawowa, sześcioprzęsłowa, bez wyodrębnionego prezbiterium. Wnętrze kościoła otrzymało sklepienie kryształowe, wymienione w roku 1534 na sieciowe. Po pożarze w 1668 roku bryłę kościoła skrócono o jedno przęsło.
W czasie ostatniej wojny kościół św. Jana uległ ponownemu zniszczeniu. Ofiarą padła wieża i jedyny dzwon. Zburzone zostały dachy i okna, a podziurawione sklepienie utraciło swój piękny wygląd. Neogotyckie ołtarze ocalały w całości. W 1945 r. przystąpiono do usuwania gruzów, szklenia okien i zabezpieczenia przed opadami atmosferycznymi. Już 2 maja 1945 roku kościół został wyświęcony przez ks. Konrada Willa, a 3 maja ks. Klemens Majewski odprawił w nim pierwsze nabożeństwo.

Duże zasługi w organizacji życia religijnego w Malborku miał ks. Feliks Sawicki. W 1957 r. ks. Biskup Tomasz Wilczyński przekazał kościół św. Jana Zgromadzeniu Księży Orionistów.

Poniższa historia parafii opracowana została na podstawie obszernych fragmentów publikacji prof. Adama S. Labudy – „Zaginione, nieodnalezione. O obrazie Matki Boskiej Pokornej z Malborka oraz o predelli ołtarza św. św. Piotra i Pawła z kościoła Mariackiego w Gdańsku”, [w:] „Żeby wiedzieć”. Studia dedykowane Helenie Małkiewiczównie,  Kraków 2008 s. 81-98.

Tematykę historii malborskiego obrazu poruszał również dr Rainer Zacharias.

Kościół parafialny p.w. św. Jana Chrzciciela w Malborku

Początki wyżej wymienionego kościoła sięgają bardzo odległych czasów. Krzyżacy po opanowaniu i skolonizowaniu ziem dawnych Prusów, wprowadzili zachodnią chrześcijańską organizację kościelną, która okazała się trwalsza od ich państwa.

Widomym śladem ich działalności jest m. in. budowa w XIII w. kościoła p.w. św. Jana Chrzciciela. Pierwotny budynek usytuowany w północno-zachodnim krańcu podłużnego rynku, sięgający czasów lokacji, należał do diecezji pomezańskiej z siedzibą w Kwidzynie.

Już dokument lokacyjny miasta Malborka z 27 kwietnia 1276 r. wspomina o plebanie miejskim imieniem Gerard. Osada wraz z zamkiem otrzymała wówczas chełmińskie prawo miejskie i od imienia patronki NMP nazwę Marieniburg, z czego powstała polska nazwa Malbork. W ten sposób malborska świątynia znalazła się w bezpośrednim sąsiedztwie kamieniczek mieszczańskich, skarpy nadmorskiej i fosy zamkowej. Posiadała ona ceglany, dwunawowy i niesymetryczny korpus z wieżą i chórem.

Wspomnianego plebana i jego następców mianowały władze Zakonu i właściwy biskup. W praktyce jednak władze zakonne proponowały swego kandydata, a biskup go akceptował, gdyż w sprawach wiary nie mógł wnosić zastrzeżeń. Ksiądz osadzony na probostwie otrzymywał od władz Zakonu plebanię i prawo pobierania opłat za chrzest, ślub i pogrzeb. Ponadto otrzymywał tzw. „kalendę” czyli daninę w naturze na Boże Narodzenie, Nowy Rok i Wielkanoc w postaci artykułów żywnościowych. W ten sposób duchowni uzależnieni byli od władz krzyżackich wykorzystujących prawo patronatu. W r. 1410 komtur Henryk von Plauen na wieść o klęsce pod Grunwalem kazał spalić miasto, przedmieścia i most na Nogacie, a ludność i zapasy żywności zabrał ma zamek. Z pożogi szczęśliwie ocalał kościół farny i ratusz. W czasie oblężenia zamku przez wojska pod wodzą Władysława Jagiełły działa polskie stały w Kałdowie. przy dawnym moście oraz przy kościele św. Jana Chrzciciela. Na szczęście świątynia wyszła bez szwanku. Tragiczna w skutkach okazała się dopiero wojna 13-letnia (1454-1466), podczas której zburzona została północna cześć nawy i chór. W nocy z 27 na 28 września 1457 r. na skutek zdrady burmistrza Bartłomieja Blume i części patrycjatu miejskiego wojska krzyżackie zajęły miasto i zaczęły ostrzeliwać załogę polską w zamku. Doszło wówczas do trzyletniego (1457-1460) oblężenia malborskiej warowni. Ogień z zamku rażący pozycje nieprzyjacielskie doprowadził do zawalenia jednej ze ścian, przebicia murów prezbiterium i osłabienia sklepień, które groziły zawaleniem.

W wyniku długotrwałych walk los kościoła został właściwie przesądzony. Wybitny konserwator zabytków Bernard Schmid, którego losy są nierozerwalnie związane z zamkiem malborskim, napisze, że katolicki kościół św. Jana Chrzciciela został wówczas prawie całkowicie zniszczony.

Po wojnie 13-letniej i podpisaniu pokoju toruńskiego w roku 1466 Malbork znalazł się w granicach Królestwa Polskiego i odtąd aż do pierwszego rozbioru w roku 1772 był siedzibą wojewodów i jedną z rezydencji królewskich.

W roku 1467 przystąpiono do odbudowy zburzonego w czasie trzyletnich walk o Malbork kościoła parafialnego. W jej wyniku powstała zupełnie nowa świątynia, tylko w części posiadająca stare fundamenty. Zrezygnowano ze starego zarysu, nadając budowli cechy świątyni halowej trójnawowej i sześcioprzęsłowej bez wyodrębnionego prezbiterium. Sklepienia kryształowe wsparte na ośmiobocznych filarach wykonane zostały w początkach XVI w. Kościół nakryty został zespołem dwuspadowych dachów. Nad każda nawa zbudowano wieżyczki wieńczące kosze miedzy spadowe, tworzące razem ze szczytami rodzaj gotyckiej attyki. Wieża z cegły na rzucie kwadratu miała podbudowę z ozdobnymi blendami i wysokim portalem. Nad częścią murowaną zbudowano drewniane oszalowane belkowanie, służące do zawieszania dzwonów, a całość nakryto ostrosłupowym dachem łamanym zwieńczonym iglicą. Wieże te, ze względu na bliskość  skarpy, usytuowano od strony południowej. Częściowo odbudowany kościół oddano do dyspozycji wiernych już w r. 1468, chociaż roboty wykończeniowe wraz z wieża zakończono dopiero w r. 1623. Najdroższy dzwon na wieży pochodzi z roku 1502, a złocona na niej kula, która przetrwała do 1945 r. miała złocenie z roku 1923. Przy kościele, zgodnie z ówczesnym zwyczajem, znajdował się cmentarz grzebalny.

W okresie reformacji zaczęły docierać do miasta głoszone przez duchownych „nowinki religijne”, które zyskały wielu zwolenników wśród mieszkańców ziemi malborskiej. W roku 1623 król Zygmunt Stary zwrócił się do rady miejskiej, aby zakazała głoszenia nauki Marcina Lutra. Dwa lata później upomniał ją i nakazał pod kara grzywny czterech tysięcy dukatów schwytanie winowajców i odstawienie ich na zamek. Nie na wiele się to zdało, gdyż w 1525 r. nawet biskup pomezański Erhard von Queiss przeszedł do obozu reformatorów, a sama rada albo sprzyjała im, albo bała się ludu.

W roku 1534 dotknęła kościół nowa klęska, ponieważ doszło do zawalenia się części kryształowych sklepień. które odbudowano po czterech latach jako sieciowe. Potężne filary, na których się wspierają, datowane są na lata 1635-1637.

Z chwila przejęcia Malborka przez władze polskie zaszło wiele istotnych zmian. Administracja kościelna w przeważającej części (za wyjątkiem enklawy elbląskiej) należała do diecezji pomezańskiej zarządzanej przez biskupów chełmińskich. W XVI w. na terenie województwa malborskiego, podlegającego wspomnianej diecezji (bez terytorium Elbląga) znajdowało się 50 parafii, w tym 6 miejskich. W wyniku reformacji większość kościołów parafialnych była faktycznie opuszczona przez katolickich proboszczów i częściowo obsadzona przez ewangelickich pastorów.

Wpływ reformacji dał o sobie znać również w katolickim kościele św. Jana Chrzciciela w Malborku. Król Zygmunt August pozwolił wówczas na odprawianie we wspomnianej świątyni nabożeństw luterańskich, ale tylko przy ołtarzu Męki Pańskiej i udzielanie komunii pod obiema postaciami, ale wyłącznie chorym i starcom. W praktyce mimo tych ograniczeń, nabożeństwa katolickie i protestanckie odprawiano kolejno aż do czasów króla Zygmunta III Wazy.

W roku 1607 przybyli do Malborka jezuici, (którzy przy farze założyli szkołę i równocześnie rozpoczęli walkę o kaplicę NMP przy Bramie Mariackiej, zawierającą obraz Madonny Malborskiej, do którego ciągnęły pielgrzymki wiernych. 17 lipca 1626 r. Gustaw Adolf po opanowaniu Malborka wydalił z niego jezuitów i udał się do fary, która zastał zamknięta. Proboszcz w obawie o swe życie ukrył się. Wówczas krój szwedzki wziąwszy topór, sam wyrąbał drzwi i wszedłszy do świątyni oddał ją luteranom. Proboszcz został wydalony z miasta, a wikary przesiedział dziewięć tygodni w więzieniu.

W latach 1656-60 miała miejsce trzecia wojna szwedzka zwana potopem. Doszło wówczas do spalenia trzech zachodnich przęseł kościoła. Zamknięcie skróconej o jedno przęsło budowli zachodnią fasadą nastąpiło w roku 1668.

Od 1821 r. Malbork należał do diecezji warmińskiej i był siedzibą dekanatu. Tym samym parafia św. Jana Chrzciciela podlegała odtąd administracyjnie biskupom tej diecezji. Przy wspomnianej farze w roku 1800 proboszcz Grąbczewski założył dwuklasowa szkółkę dla chłopców, w której organista i kościelny uczyli lekcji religii po polsku. W roku 1631 utworzono przy niej klasę dla dziewcząt. W roku 1851 utworzono przy niej „wolną” szkołę katolicką. Z chwilą ich połączenia w roku 1894 w jedną całość przeszła pod zarząd gminy, przez którą była utrzymywana.

Trójkątne szczyty elewacji i niższe przęsło wschodnie północnej nawy przeznaczone na zakrystię zbudowano w roku 1851. Obecne sklepienie w kruchcie pod wieżą pochodzi z roku 1896. Od tego czasu aż do pierwszych lat drugiej wojny światowej w kościele nie zanotowano istotnych zmian. Dopiero pod koniec wojny w obawie przed zniszczeniem zaczęto zabezpieczać co cenniejsze jego- zabytki. Zabytkowe gotyckie ołtarze schowano w katolickich kościołach w Fiszewie, Zwierznie, Żulawce lub Jasnej. Rzeźbę Chrystusa „in horto Orans” na Górze Oliwnej zabezpieczano w północnej stronie zakrystii kaplicy św. Anny w zamku Malborskim.

Do poważnych zniszczeń dochodzi dopiero w pierwszym kwartale 1945 r. i chociaż świątynia nie podzieliła losu zabytkowych staromiejskich kamieniczek, nie uniknęła zniszczeń. Ksiądz Konrad Will, ostatni proboszcz kościcła św. Jana Chrzciciela przebywając w Malborku w latach 1945-1957, wspomniał po latach, że wieża kościoła była zwalona, sufit częściowo podziurawiony, a jedyny dzwon na pół stopiony zwisał na murze. Całkowitemu zniszczeniu uległa plebania. Szczęśliwie ocalały sklepienia kościoła, które przetrwały pożar więźby dachowej.

Po ustaniu działań wojennych do miasta napłynęła ludność polska w przytłaczającej większości wyznania rzymsko-katolickiego.

Prace nad odbudowa świątyni rozpoczęto od usuwania gruzów, szklenia okien i prac zabezpieczających przed opadami atmosferycznymi. Chodziło o to, by jak najszybciej doprowadzić kościół do porządku i otwarcia, a przede wszystkim powstrzymać proces jego dalszej dewastacji. Prace porządkowe ukończono l maja 1945 r. Następnego dnia kościół został wyświecony przez Konrada Willa. Zabezpieczone przez starostę powiatowego Augustyna Szpręgę dwie monstrancje i cztery kielichy zostały przekazane kościołowi. Podniszczony ornat znaleziono na miejscu. 3 ma-ja 1945 r. odbyło się pierwsze nabożeństwo w języku polskim. Odprawił je młody duchowny Klemens Majewski – późniejszy proboszcz w Dąbrówce Malborskiej.

W czerwcu 1945 r. wrócił do Malborka proboszcz Franciszek Pingel który zajął się swymi dawnymi parafianami, odprawiając dla nich kazania w języku niemieckim. Ze względu na postawę jaka zajął w czasie plebiscytu jako centrowiec został z Polski wydalony. Odjechał do Niemiec pierwszym transportem 6 sierpnia 1946 r. (zmarł w RFN w 1955 r.).

Odbudowa kościoła wymagała znacznych środków materialnych i finansowych, które przekraczały możliwości ówczesnych władz miejskich i kościelnych. W związku z tym powstał Komitet Odbudowy Kościoła, który wskazując na ogromne zniszczenia wzywał wszystkich ludzi dobrej woli do współpracy i ofiarności na rzecz odbudowy świątyni. Przed Bożym Narodzeniem kościół został zamknięty z powodu zimna, a klucze przekazane proboszczowi kościoła św. Jerzego Feliksowi Sawickiemu. Tam też zostały przeniesione na kilka lat nabożeństwa) z kościoła św. Jana Chrzciciela.

Był to okres, kiedy Polska znalazła się w zasiągu wschodniego systemu społeczno-politycznego i ekonomicznego. Niestety, lata te zwane okresem „błędów i wypaczeń”, nie sprzyjały odbudowie zabytkowej fary. Dopiero w czasie tzw. „odwilży”, będącej wynikiem „wydarzeń październikowych” 1956 r., stworzone zostały warunki do odbudowy świątyni.

Ogromne zasługi w usunięciu zniszczeń wojennych położyli nowi jej gospodarze – księża orionisci, należący do zgromadzenia zakonnego pn. Małe Dzieło Boskiej Opatrzności. Zgromadzenie to założone zostało w 1903 r. przez Włocha Alojzego Orione, którego papież Pius XII nazwał „Apostołem miłosierdzia, ojcem ubogich i dobroczyńcą ludzi cierpiących i opuszczonych. Dzięki staraniom ks. Bronisława Dąbrowskiego ordynariusz olsztyński ks. bp. Tomasz Wilczyński dekretem z dnia 9 kwietnia 1957 r. przydzielił  orionistom kościół św. Jana Chrzciciela in perpetuum.

Pierwszymi pracownikami skierowanymi do kościoła przez ówczesnego prowincjała Włodzimierza Michalskiego byli: ks. Antoni Jankowski i brat Tadeusz Osowicki. Przybyli oni do Malborka 25 kwietnia 1957 r. Po otrzymaniu kluczy i przejęciu świątyni jego nowi właściciele, przy wydatnej pomocy wiernych, przystąpili do usunięcia skutków wojny i odnowienia zasypanych wapnem ołtarzy. 26 lipca 1957 r. przybyli do Malborka XX. Henryk Hermanowski i Dominik Pankiewicz, którzy zamieszkali przy ul. Mickiewicza 70 i przystąpili do pracy w kościele i miejscowych szkołach. Ksiądz Henryk Hermanowski uczył religii w Szkole Powszechnej Nr 7 i zajął się zorganizowaniem w kościele kółka ministrantów. Ksiądz Dominik Pankiewicz został zatrudniony w charakterze prefekta w Szkole Powszechnej Nr 2 i w Zasadniczej Szkole Zawodowej, a na miejscu zajął się organizacją asysty kościelnej. Dzięki wysiłkowi ksieży orionistów i pomocy wiernych przeprowadzono w krótkim czasie wodę do zakrystii i przed samymi świętami Bożego Narodzenia uruchomiono centralne ogrzewanie. Ważną sprawa dla normalnego funkcjonowania kościoła było wyposażenie go w niezbędne paramenty i untensylia. Dużej pomocy w tym trudnym okresie udzielił ks. prałat Stanisław Kobyłecki i ks. Józef Walczak, którzy wypożyczyli naczynia sakralne, szaty liturgiczne i kielich oraz ks. Prymas Stefan Wyszyński, który w roku 1958 przesłał jako dar ornaty, kapy wszystkich kolorów i kielich z monstrancją. Miejscowi kolejarze ufundowali krzyż procesyjny. a kobiety haftowały chorągwie, zabiegały o sprawienie nowych obrusów i przygotowały feretrony, które później dziewczęta nosiły w czasie procesji. W tym czasie na prośbę wiernych (po wyremontowaniu ołtarza bocznego) umieszczono obraz Matki Boskiej Ostrobramskiej, wprowadzając równocześnie nabożeństwa Maryjne. Ważnymi problemami. przed jakimi stanęli nowi gospodarze, było: przyznanie mieszkań dla księży, organizacja chóru, kościelnego, który już 8 grudnia 1958 r. wykonał swe polifoniczne pieśni religijne i odbudowa plebanii. Funkcją organisty pełnił wówczas kleryk Paweł Gąsiorkiewicz, a kościelnego kleryk Tadeusz Piotrowicz.

Duże poruszenie w mieście wywołały jasełki i klerycka orkiestra, która uświetniała nabożeństwa i zabawiała na wolnym powietrzu wiernych swoimi koncertami. Nie mniejszym przeżyciem były świecenia kapłańskie, które odbyły się 7 kwietnia 1958 r. w drugi dzień świąt wielkanocnych. Święceń udzielał alumnom Jego Ekscelencja ks. bp. Tomasz Wilczyński. Byli nimi diakon Mieczysław Matczak i klerycy: Jan Kowałko, Jan Osmałek i Leszek Wojtyś. Ważnym wydarzeniem dla wiernych nadnogackiego grodu była uroczystość nawiedzenia Matki Boskiej Częstochowskiej w wędrującym obrazie. Odbyła się ona w dniach 17-18 sierpnia1960 r. z udziałem Jego Eminencji kardynała Stefana Wyszyńskiego i 12 biskupów. Uroczystość ta zakończyła się przemówieniem dostojnego gościa i przekazaniem obrazu ks. bp. Edmundowi Nowickiemu, ordynariuszowi gdańskiemu, który odwiózł go do Kałdowa, sąsiadującej z Malborkiem parafii swej diecezji.

Aby rozwiązać niezmiernie trudne sprawy mieszkaniowe i uciążliwe dochodzenie do świątyni na początku lat siedemdziesiątych księża orioniści jeszcze raz wrócili do sprawy odbudowy plebanii – domu zakonnego. Wreszcie po uzyskaniu pozwolenia w listopadzie 1973 r., następnego roku przystąpili do jej budowy w bezpośrednim sąsiedztwie kościoła. Wysiłki te zostały uwieńczone tym, że w dniu 17 czerwca 1976 r. w święto Bożego Ciała nowy gmach plebanii zbudowanej z cegły został wyświęcony i oddany do dyspozycji malborskiej wspólnoty zakonnej. Wybudowana ona została w dużym stopniu przez wiernych sposobem gospodarczym.

Równocześnie przystąpiono do odbudowy wieży dzwonowej związanej z bryłą kościoła, a usytuowanej od strony południowej. Na dolnej części murowanej umieszczono konstrukcje. drewnianą dla dzwonów. Nadbudowa została oszalowana, nakryta ostoslupowym dachem łamanym i zwieńczona iglicą. Dach wieży obito blachą miedzianą. Do kościoła wchodzi się przez wysoki i szeroki portal i kruchtę pod wieżą. Zakończenie odbudowy nastąpiło w czerwcu 1979 r. Wówczas to na specjalnej konstrukcji umieszczono sprowadzone przez ówczesnego proboszcza, ks. Józefa Wołowczyka trzy dzwony z Przemyśla. Otrzymały one nazwy: Józef, Maria i największy z nich Jan Paweł II. Po raz pierwszy rozległ się ich głos 10 czerwca 1979 r., w związku z zakończoną przez papieża wizyta – pielgrzymką do naszego kraju. Odbudowa wieży harmonizującej z wieżyczkami Zamku Wysokiego i budynkami nowego osiedla mieszkaniowego kończy w zasadzie odbudowę kościoła św. Jana Chrzciciela w Malborku. Każda z naw nakryta już była osobnym dachem siodłowym. a wnętrze świątyni wyposażono we wszystko, co ocalało z pożogi wojennej. Na obecne wyposażenie kościoła składają się: dwie czternastowieczne chrzcielnice: gotlandzka z wapienia i granitowa, obie osadzone na nieoryginalnych bazach, cztery późnogotyckie ołtarze z około roku 1500. Jednym z najstarszych i najcenniejszych zabytków jest rzeźbiony w drewnie krucyfiks z poł. XV w. zawieszony w kruchcie wieży (obecnie wypożyczony do renowacji w Muzeum Zamkowym), a przeniesiony ze Szpitala Jerozolimskiego, w związku z adaptowaniem go na obiekt mieszkalny. Z innych obiektów na uwadze zasługują: rzeźbione stalle pochodzące z końca XV w., dwie płaskorzeźbione kwatery ołtarzowe ze scenami „Zwiastowanie” i „Koronacji NMP” z około 1515 r., restaurowane na pocz. XX wieku. Kamienna figura Chrystusa modlącego się w Ogrodzie Oliwnym: z około 1330-1340 znajdująca się. pierwotnie w kaplicy św. Wawrzyńca na Zamku Niskim, potem w kościele św. Jana Chrzciciela, znajduje się dziś w ekspozycji Muzeum Zamkowego w Malborku. Styl rzeźby anonimowego twórcy wiąże się z warsztatem Mistrza Pięknych Madonn i artystami z kręgu mecenatu Karola IV. Postać św. Elżbiety, znajdująca się w malborskiej farze, wykonana została, podobnie jak postać Chrystusa w Ogrójcu z szarożółtego wapienia około 1425.”(obecnie również wypożyczona do renowacji w Muzeum Zamkowym)

Z wyposażenia kościoła, w którym sklepienia kryształowe zachowały się tylko w trzech przęsłach bocznych naw wymienić jeszcze należy: późnogotycka rzeźbę Assuntty (Madonny z Dzieciątkiem na księżycu) – obecnie cześć świecznika, trójdzielne renesansowe epitafium kamienne trzyletniego Piotra Konopackiego z 1580 r., barokowy ołtarz Matki Boskiej z Dzieciątkiem z około 1640 roku  oraz rokokowy ołtarz św. Stanisława Kostki.

Reasumując, należy podkreślić, że dzięki pełnej oddania pracy naszych współbraci i ofiarności wiernych,  parafialny kościół św. Jana Chrzciciela w Malborku stał się jednym z głównych ośrodków życia religijnego miejscowej społeczności.